Deuxième vague cherche coupable. Alors que les pays européens instaurent, les uns après les autres, des mesures de plus en plus strictes pour lutter contre la diffusion du Covid-19, de nombreuses questions épidémiologiques restent ouvertes au sujet de cette deuxième vague.

Si la plupart des scientifiques ont reconnu avoir été surpris par la vitesse de propagation du virus depuis la fin de l’été, on en sait un peu plus sur la manière dont le virus s’est propagé sur le continent. Une mutation du Sars-cov-2, apparue en Espagne début juin, s’est imposée comme la forme dominante du virus dans une douzaine de pays au moins, a déterminé une équipe internationale de scientifiques dans une nouvelle étude rendue publique jeudi 30 octobre.

À l’assaut de l’Europe à partir de juillet

C’est début juin que la souche 20A EU.1 – le nom que ces chercheurs lui ont attribué – semble avoir émergé parmi des travailleurs agricoles dans la région de l’Aragon, dans le nord-est de l’Espagne. “C’est du moins les traces les plus anciennes de sa présence que nous avons pu détecter”, précise Emma Hodcroft, l’auteure principale de l’étude et spécialiste de la génétique évolutive humaine à l’université de Bâle, contactée par France 24. 

Elle s’est ensuite mélangée à la population locale avant de migrer vers le reste du pays où elle représente aujourd’hui plus de 70 % de toutes les séquences analysées par les chercheurs. À partir de mi-juillet, cette mutation a pris rapidement d’assaut le reste du continent, à commencer par le Royaume-Uni (80 % de tous les séquences analysées), la Suisse ou encore les Pays-Bas. En France, “elle représente seulement 40 % des cas analysées, et c’est une autre souche qui est dominante”, précise Emma Hodcroft.

“Je n’avais jamais rencontré une souche de virus, qui se propage aussi vite et dans autant de pays depuis le début de l'été”, reconnaît la scientifique de l’université de Bâle. Est-ce à dire que l’Europe est tombée sous la coupe d’une nouvelle souche du coronavirus particulièrement agressive, ce qui pourrait expliquer pourquoi les scientifiques ont été pris de court par la rapide augmentation des contaminations depuis la rentrée ?

Sans écarter cette possibilité, Emma Hodcroft tient à souligner qu’à “l’heure actuelle, nous n’avons pas la preuve scientifique que les mutations ont augmenté la transmissibilité de la variante 20A EU.1 ou l’ont rendue plus dangereuse”. Les modifications de la structure génétique d’un virus sont fréquentes – elles se produisent lorsque le virus se démultiplie dans un corps infecté – et “la plupart du temps elles n’affectent pas la manière dont il se comporte”, rappelle la chercheuse. Mais il arrive parfois que la loterie génétique accouche d’une souche plus virulente. Il en va ainsi de la variante D614G qui a été qualifiée de “plus infectieuse” que les autres dans un article publié en juillet dans la revue Cell.

Déterminer si le Sars-cov-2 20A EU.1 appartient à cette même catégorie, va nécessiter des tests supplémentaires en laboratoire. Le verdict devrait tomber “dans quelques semaines”, précise Emma Hodcroft.

La faute au virus ou aux vacanciers ?

En attendant, l’auteure principale de l’étude juge tout aussi probable que la très rapide propagation de cette souche du coronavirus soit plus prosaïquement un effet collatéral des vacances d’été. “Nous savons que les contaminations après le déconfinement sont reparties à la hausse très tôt en Espagne, destination très prisée par les touristes, et cette variante du virus a commencé à circuler au niveau européen au moment des grands mouvements estivaux des vacanciers”, rappelle-t-elle.

En outre, beaucoup de ces touristes sont relativement jeunes, et une partie d’entre eux a pu “mal appliquer les gestes barrières” pour mieux fêter le retour d’une certaine normalité après un printemps confiné, note la chercheuse. “C’était le cocktail parfait pour cette souche du virus”, résume-t-elle. Mais pour que 20A EU.1 sorte du pays, il a aussi “dû y avoir des défaillances des contrôles sanitaires aux aéroports”, souligne le Financial Times.

Cette explication a l’avantage d’éloigner le spectre d’une forme sous stéroïde du Sars-cov-2 qui se serait imposée en Europe. Mais si la faute n’est pas d’ordre génétique, la responsabilité de cette seconde vague retombe sur les comportements humains. Ce qui n’est pas forcément plus rassurant.