En arrivant sur le trône de Pierre, le pape François aura plusieurs défis à relever :

• Réformer la curie romaine. Il s’agit du chantier le plus important car cette question a été délaissée par ses prédécesseurs Jean-Paul II et Benoît XVI. Le pape François devra s'atteler à la remise en ordre de l'Église, minée par les conflits et les affaires comme celle du Vatileaks, mais aussi à sa gouvernance. Parmi les pistes de réforme : la décentralisation du pouvoir romain, l'internationalisation de la curie jugée trop romaine et l'instauration d'une sorte de Conseil des ministres. Il aura aussi la charge d’assainir les finances du Vatican, qui sont replongées dans le rouge depuis 2011 avec un déficit de 15 millions d’euros.
   
• Redynamiser la foi. La tâche ne sera pas facile compte tenu de la décadence du catholicisme en Europe. C’était un sujet auquel Benoît XVI était très sensible : en 2012, il avait lancé un consistoire sur la "nouvelle évangélisation". Mais le discours conservateur de l’Église contre le mariage des prêtres, le mariage gay ou encore l’avortement peinent à la rapprocher de la majorité de l’opinion publique. Les fidèles délaissent également l’Église en Amérique latine, pourtant un des bastions du catholicisme, au profit de mouvements protestants, particulièrement présents au Brésil. Pour contrecarrer cette puissante offensive évangélique, Benoît XVI avait choisi le Brésil pour accueillir en août les prochaines Journées mondiales de la Jeunesse. Un déplacement qui sera très important pour le pape François.
   
• Lutte contre la pédophilie. Le pape polonais n’a pas réussi à faire tourner la page de ce scandale qui a éclaté dès le début des années 2000 sous le pontificat de Jean-Paul II (lire notre article sur le dernier scandale en date qui touche l'archevêché de Los Angeles). Certes, le 12 avril 2010, le Vatican a publié sur son site Internet les lignes directrices de la lutte contre la pédophilie au sein de l’Église. Elles prévoient notamment la dénonciation systématique des abus à la justice et la possibilité pour le pape de décréter la perte de l’état clérical pour les prêtres coupables. Mais cela ne suffit pas pour les associations de victimes, qui, dans "Le Parisien" daté du 14 mars (accès réservé aux abonnés), jugent que sur cette délicate question Benoît XVI a "fait de grandes déclarations" mais déplorent ne "pas avoir été soutenues par aucune action ni mesure".
   
• Le discours inter-religieux. Les relations avec l’islam sont tendues depuis le discours que Benoît VXI a prononcé le 12 septembre 2006 à Ratisbonne. Ces propos évoquant le rapport entre la religion et la violence avaient provoqué l’ire de nombreux pays musulmans, conduisant à la rupture des relations entre le Vatican et le cheikh d’Al-Azhar, la plus haute autorité sunnite. Pour l’heure, la position du pape François avec le monde musulman n’est pas définie. "Le fait qu’il soit jésuite lui donne un caractère de missionnaire, ce qui est plutôt positif", note l’archevêque de Beyrouth, Paul Matar, interrogé par le correspondant de FRANCE 24 au Liban, Sélim El-Meddeb.