- Les racines chrétiennes de l’Europe
Dès sa première audience publique, le 27 avril 2005, Benoît XVI se fait remarquer. Il affirme regretter que le projet de Constitution européenne ne mentionne pas explicitement les racines chrétiennes de l’Europe.
Deux ans plus tard, le Vatican assouplit sa position et se prononce finalement en faveur de l’adhésion de la Turquie à l’Union européenne.

- Le discours de Ratisbonne
Le 12 septembre 2006, Benoît XVI prononce un discours sur la foi, à l’université de Ratisbonne, en Allemagne. Pour condamner la violence faite au nom de la religion, il cite l’empereur byzantin Manuel II Palaiologos. Ce dernier dénonce le "mandat de Mahomet de diffuser par l’épée la foi qu’il prêchait". La communauté musulmane à travers le monde est choquée.
Quelques mois plus tard, il tente de corriger le tir, déclarant "regretter" que son discours de Ratisbonne ait été à l’origine d’un malentendu.

Enfin, trois ans après, alors que Ratisbonne reste dans les mémoires, le souverain pontife se rend en Jordanie pour son premier voyage en terre d’Islam. Il prie à la mosquée Al-Hussein, la plus grande du pays, et devient ainsi le deuxième pape, après Jean-Paul II, à pénétrer dans une mosquée.

- La messe en latin
En juillet 2007, Benoît XVI libéralise par un décret la messe en latin. Il accorde ainsi le droit aux communautés traditionnalistes de célébrer la messe quotidiennement, selon le rite tridentin. Cette mesure est perçue par l'opinion publique comme une régression par rapport au mouvement de modernisation du concile Vatican II.

- La polémique Williamson et la brouille avec la communauté juive
Le 24 janvier 2009, Benoît XVI lève l’excommunication de quatre évêques intégristes

de la communauté Saint Pie X, dont monseigneur Williamson, connu pour ses propos négationnistes sur l’Holocauste. Cette décision provoque une double polémique : chez les juifs et chez les catholiques. La communauté juive demande au pape une position claire. Pendant ce temps, la communauté catholique se divise. Fait rare, même un chef de gouvernement, Angela Merkel, demande des précisions officielles au pape. Le Vatican affirme qu’il ignorait les propos de Williamson lors de sa décision et exige que Williamson retire publiquement ses propos. Mais les regrets de Williamson sont jugés "insuffisants" par le Saint-Siège.

- Béatification des martyrs de la guerre civile espagnole
Benoît XVI reprend un dossier ouvert par son prédécesseur et élève le 28 octobre 2007, au rang de bienheureux "498 martyrs de la guerre civile espagnole". Il s’agit de religieux qui avait été tués pour leur appartenance au catholicisme. Ils avaient également choisi le camp des nationalistes de Franco, qui était sur le point de s'allier à Mussolini et à Hitler. Cette annonce provoque une controverse en Espagne, au moment même où le gouvernement travaille à réhabiliter les victimes du franquisme.

- "Le préservatif aggrave le problème du sida"
Cette phrase s'est répandue dans les médias du monde comme une trainée de poudre. Le pape Benoît XVI l'a prononcée en mars 2009 dans l'avion qui le conduisait au Cameroun pour son premier voyage en Afrique. Par ces termes, il va plus loin que son prédecesseur, Jean-Paul II, qui s'opposait au préservatif comme solution au problème du sida.

- Reprise du processus de béatification de Pie XII
A la surprise générale, Benoît XVI signe le 17 décembre 2010, un décret ouvrant à la

béatification de Jean-Paul II, mais aussi de Pie XII.
Souverain pontife polémique de 1939 à 1958, Pie XII est accusé de n’avoir pas dénoncé les crimes du nazisme. Le Saint-Siège, quant à lui, répète depuis cinquante ans que Pie XII a sauvé des juifs en Europe, notamment à Rome, en les faisant cacher dans des institutions religieuses, et qu'il se taisait pour ne pas aggraver leur sort. Ce projet est une pomme de discorde entre le Vatican et l’Etat hébreu depuis de longues années.

- L'Église dans la tourmente des scandales de pédophilie
Début février, un vaste scandale de pédophilie dans le diocèse de Dublin éclate. L'Église est accusée d'avoir couvert des cas d'abus sexuels sur des mineurs entre 1975 et 2004. C'est le début d'une longue série de scandales de pédophilie en Allemagne, au Pays-Bas, en Autriche, mais aussi aux Etats-Unis. Pour désamorcer la crise, Benoît XVI s'adresse aux catholiques d'Irlande. Il y exprime les regrets de l'Eglise. Mais, bientôt, le pape lui-même est accusé d'avoir couvert un prêtre pédophile alors qu'il était encore cardinal. Alors que le Vatican resserre les rangs autour du souverain pontife, des voix s'élèvent pour demander la démission du pape et les fêtes de Pâques se déroulent dans un climat des plus tendus.

Le 13 avril, le Vatican publie sur son site Internet les "lignes directrices" de son plan de lutte contre la pédophilie dans l'Eglise.